翼龙灭绝的原因,有科学专家通过研究认为,火山频繁的爆发导致翼龙灭绝,也有专家认为翼龙有可能在进化到了温血动物阶段,由于进化速度不快、程度不同,*终还是被进化速度快、程度高的鸟类独霸了天空。[23] 传统理论认为,早期鸟类的竞争,导致许多翼龙类灭绝。到了白垩纪末期,只有发现大型翼龙类;而小型翼龙类已消失,生态位被早期鸟类取代。但是,化石纪录缺乏小型翼龙的现象,也可能是因为它们的骨架脆弱、难以保存所致,而跟鸟类的生物多样性无关。白垩纪末灭绝事件灭绝了恐龙、翼龙类、与许多其他动物。另一种解释是,认为翼龙在进化的过程中适应了依靠海洋的生活模式,所以,当白垩纪灭绝事件发生时,翼龙与海洋生物一同灭绝。[24] 但是,神龙翼龙科与帆翼龙科是栖息于内陆,并非依靠海洋维生。马斯特里赫特阶,例如:鸟掌翼龙科、无齿翼龙科、夜翼龙科、古神翼龙科。这些新发现物种,显示白垩纪晚期的翼龙类仍保持多样性,相对于白垩纪早期,只是小幅度衰退,不同于过去理论。